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追溯癌症的祖先 新软件从肿瘤遗传物质准确推断血统

  • 2023-01-03 18:03:09 来源:科技日报


(资料图)

科技日报记者 张梦然

美国冷泉港实验室研究人员正在努力揭示癌症与种族/民族之间的家谱联系。他们开发的新软件,可从肿瘤DNA和RNA中准确推断出血统。这些工作还可帮助临床医生制定早期癌症检测和个性化治疗的新策略。研究成果近日发表在《癌症研究》杂志上。

知道祖先来自哪里,会是更好的癌症治疗关键吗?答案可能存在于包含数十万份肿瘤样本的庞大数据库和医院档案中。

研究人员表示,为什么不同种族/民族的人对不同癌症的患病率不同?可能是他们有不同的习惯、生活条件等各种社会和环境因素,但也可能有遗传成分。

研究团队使用混合DNA图谱训练其软件工具,从已知背景的癌性和无癌症基因组中创建这些图谱。然后,他们测试了该软件中已知血统患者的胰腺癌、卵巢癌、乳腺癌和血癌标本的性能。研究发现该软件能以超过95%的准确率将创建的混合图谱与种群相匹配。

研究团队还加入了一项结直肠癌联合研究。该研究使他们能够探索结直肠癌如何根据特定种族/民族以不同的方式突变基因。他们希望进一步完善这一软件,未来不仅推断出整个基因组的祖先,还能推断其中每个序列的祖先。

研究人员称,如果能够识别出更易患癌症或其他侵入性疾病的祖先,软件将可帮助确定基因组中负责癌症的特定部分并进行靶向治疗。“现在,一个简单的DNA拭子可告诉你来自哪里,以及会遗传哪些疾病。将来,它也可能给你打败疾病的手段。”

癌症与遗传基因、生活习惯、生活环境等因素有着密切的关联,这些因素都可以成为研究癌症的重要线索。顺藤摸瓜地沿着这些线索去探寻癌症的起因,都很有可能找到对癌症的预防或治疗富有价值的信息:如果发现某些生活习惯或生活环境容易招致癌症,我们就可以提前避而远之;从遗传基因的维度深究下去,则有助于从基因组中寻找对癌症进行靶向治疗的关键信息。

标签: 遗传物质

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